引發手足口病的腸道病毒有20多種(型)，其中以柯薩奇病毒A16型(Cox A16)和腸道病毒71型(EV 71)最為常見。早期發現的手足口病的病原體主要為Cox A16型。一般來說柯薩奇A16型後遺症比EV 71小。

實驗室檢查1.末梢血白細胞一般病例白細胞總數和中性粒細胞數大多正常。重症病例白細胞計數可明顯升高;2.血生化檢查部分病例可有輕度ALT、AST、CK-MB升高，重症病例血糖可升高;3.病原學檢查特異性Cox Al6核酸陽性或分離到Cox Al6病毒。4.血清學檢查特異性Cox Al6抗體檢測陽性。5.腦脊液檢查外觀清亮，壓力增高，白細胞增多(危重病例多核細胞可多於單核細胞)，蛋白正常或輕度增多，糖和氯化物正常。有中樞神經系統併發症時，腦脊液細胞數可增多，蛋白升高。物理學檢查1.胸片可表現為雙肺紋理增多，網格狀、點片狀、大片狀陰影，部分病例以單側為著，快速進展為雙側大片陰影;2.心電圖無特異性改變。可見竇性心動過速或過緩，ST-T改變;3.磁共振以腦幹、脊髓灰質損害為主。4.腦電圖部分病例可表現為瀰漫性慢波，少數可出現棘(尖)慢波。柯薩奇A16型(Coxsackievirus A16)，其與EV 71一樣均會引起手足口病，單就臨床症状而言，此二者很難分辨(但一般EV 71較易導致高燒且高燒期間較久)，只能依靠實驗室的病毒檢驗技術來鑒別，但就後遺症而言，柯薩奇A16型要比EV 71小，但仍